مواكبة للتطور في مجال الأنظمة المحوسبة قامت إدارة الجامعة بتشييد مكتبة الكترونية، و تم تدعيمها بنظام محوسب متكامل دقيق وفعال. يقوم بالبحث والتزويد والفهرسة والإعارة والجرد وإدارة وصيانة النظام ... الخ. مع الدعم الكامل للمعايير والمواصفات العالمية في مجال المكتبات و المعلومات.
بالإضافة لقواعد البيانات المحلية قامت المكتبة بالاشتراك في عدد من قواعد البيانات العالمية، كما تم شراء مجموعة من المراجع والكتب الإلكترونية التي تضم بعض الكتب النادرة والأسطوانات المدمجة.
وتعد جامعة العلوم والتقانة الأولى على مستوى السودان في تطبيق نظام الأفق (HORIZON) الذي أوضحت التجارب في البلدان المتقدمة أنه أفضل نظام لأتمتة المكتبات.